设施农业的发展，对稳定蔬菜市场，保障蔬菜有效供给，增加农民收入等方面具有非常重要的意义。近年来，随着设施蔬菜产业的迅猛发展，尤其是一些长时间连作的设施蔬菜种植地，土壤退化现象十分严重，大大影响了保护地蔬菜的可持续发展。
土壤退化有以下几点原因：
一、土壤酸化
设施农业高温、高湿的环境，加快了有机质分解，产生有机酸和腐植酸，同时土壤的缓冲能力下降，加之化肥的大量使用，使土壤中碱基离子浓度下降，造成土壤酸化。设施蔬菜地土壤酸化，致使土壤理化性状恶化，同时破坏了土壤微生物的分布和活动，使蔬菜作物处于不利的生长环境，生长发育受到影响，造成作物产量和品质的下降。
二、土壤次生盐渍化
设施蔬菜地不合理的灌溉和施肥，使土壤中的大量盐分，在强烈蒸发作用下，不断向地表积累，从而造成土壤次生盐渍化。土壤次生盐渍化破坏土壤的团粒结构，影响作物对水和养分的正常吸收，不利于蔬菜的生长，对土壤微生物活性产生不利影响，进而导致作物产量和品质下降。
三、土壤板结
由于水、肥过量投入，土壤次生盐渍化、土壤酸化等影响，土壤发生板结，土壤团粒结构被破坏，密度增加，孔隙度减小，透气性变差。从而破坏了土壤中水、肥、气、热平衡，减弱了土壤的保水、保肥功能；恶化了土壤生态环境，直接抑制了作物和土壤微生物的生物活性，影响到他人生态系统中的物质循环和生命过程，正常地力衰退、土壤质量下降。
四、土传病害发生严重
由于作物连作障碍，即在设施蔬菜生产中连续种同一种作物，造成设施蔬菜生物多样性下降，引起了根系生物活性下降，养分吸收能力降低和植物抗病性减弱，加之由于土壤酸化、次生盐渍化和土壤板结，致使土壤生态环境恶化，土壤微生物生态失衡，造成目前设施农业土传病害发生较为普遍，如黄瓜枯萎病、番茄枯萎病、辣椒疫病等。
五、中微量元素缺乏
部分菜农只认识到氮、磷、钾元素对蔬菜生长的作用，而忽视了蔬菜对钙、镁、硫、锌、硼等中微量元素吸收也较多，因而生产管理中仅补施有机肥和化肥，基本上不单施中微量元素，而设施蔬菜采收量大，土壤中大量元素氮磷钾和中微量元素钙镁锌硼等被大量带走，蔬菜连年种植导致土壤养分的偏耗，特别是钙、镁、锌、硼等中微量元素的偏耗，引发各种缺素症的发生，进一步加重了作物的生理性病害，不利于蔬菜的正常生长发育，致使其产量和品质下降。
