茄子在嫁接过程中经常会出现黄萎病和枯萎病，但是因为嫁接导致茄子茎部受伤而容易染病，影响了茄子的生长，严重的甚至造成茄子萎蔫死棵。因此，菜农要注意对嫁接茄子的茎部进行保护，预防病害的发生。
嫁接口比较接近地面，菜农在进行操作时有时会将嫁接口埋没，从而导致嫁接口处易感染疫病、茎基腐病等。疫病的典型症状是发病初期嫁接口上下的茎基部呈水浸状，并逐渐腐烂、变黑、然后缢缩，严重时导致死棵；而茎基腐病发病初期在茎基部的一侧出现凹陷的黑褐色小斑点，随着病情发展病点连成片形成梭形或长条形病斑，病斑绕茎一周后导致死棵。对于疫病，菜农可用72.2%普力克600倍或安克1000倍等进行喷淋灌根防治；茎基腐病可用20%甲基立枯磷1000倍喷淋灌根防治。对于没有发病的植株，菜农可以使用百菌清涂抹茎秆，预防这些病害的发生，同时在日常管理时，还要注意嫁接口处不要与土壤接触，以防这两种病害的侵染。
当棚内的空气湿度较大时，会在茄子的嫁接口处凝结露水，给细菌性病害的侵染创造了条件，导致嫁接口处茎基部的表皮腐烂，并有菌脓溢出。菜农在预防细菌性病害时可以将地膜覆盖到嫁接口以下，从而减少嫁接口处的空气湿度，保持嫁接口处茎部表皮的干燥，减少细菌性病害的侵染；菜农也可使用50%DT500倍喷淋预防，重点喷淋嫁接口处。
