连作加剧了病害
受到利益、环境等因素的影响，人们很难完全避免连作，由此便破坏了棚室土壤中的营养平衡，导致土壤恶化，积聚的病原菌越来越多，像根腐病、枯萎病等病害迅速增加，使产量下降，影响收成。管理跟不上病害加重的速度
多数种植户都采取多种蔬菜混种的方式，劳动量大，管理难度大，导致病害混合交叉，种植户对病害的管理无法达到防治目标，化学药剂的过量使用导致病害加剧，不仅增加了成本，也影响无公害生产目标。氮肥的过量撒施破坏土壤平衡
一直以来，菜农大都沿袭经验施肥，导致肥的数量严重超标，连续多年的过量施肥破坏了土壤平衡，导致蔬菜品质降低，影响无公害蔬菜的生产。有害气体的威胁加重
棚室栽培中会产生氨气与二氧化碳，尤其是施肥的深度不够导致大量的氨气产生，从试验数据来看，如果棚室内的氨气含量达到5mg/L，会伤害到叶片与生长点，而一次性施肥量过大的话会使蔬菜产生生理障碍，导致植株枯萎，阻碍蔬菜生长，降低蔬菜的整体品质。低温产生的影响
温度对棚室蔬菜的重要性毋庸置疑，一旦光照与温度分布不均，则会产生较大的昼夜温差，导致冷风人侵，植株受到低温影响，出现黄花、叶枯等病害，大部分蔬菜成为无头株，品质下降。棚室蔬菜种植结构不合理
从当前棚室蔬菜的种植情况来看，种类单一，但人们的生活质量在不断提高，人们对蔬菜种类的要求在不断提高，对无公害蔬菜的要求也在提高。品种单一，没有形成规模种植，不利于市场供应，影响农民的经济收入。过度采用高剂量农药
不可否认，随着研究技术的发展，农药的效果更加明显，提高了蔬菜生产量，但是由于农药使用不当，用药量越来越多、高残留农药开始出现，导致生产出的蔬菜危害人们的健康，破坏生态平衡，型至使人与牲畜中毒。
