1、少分苗，避免分苗时根系受伤
针对根细弱、数量少的情形，育苗要选疏松、肥沃的育苗土，为幼苗根系发育创造良好的条件。采用营养钵育苗，减少移栽次数，避免分苗时根受伤。移栽时间适当提早，尽量在小苗时完成移栽。
2、避免栽后就浇水
不少菜农在定植时为了操作方便，往往是先干栽后浇水。这样做的缺点是浇水后土壤板结较为严重，土壤透气性差，表层水肥充足，根系在浅层土壤横向发展，对将来根系的扩展起了限制作用。若定植前先浇透水，可诱导根系向纵深发展，有利于控制植株旺长，形成壮棵。同时，先浇水还可保证地温稳定，更利于根系的生长和缓苗。
3、合理施肥，养根护根
施肥量大、耕层过浅容易使毛细根受伤，加速其老化。基肥施用过量或有机肥没有充分腐熟可直接造成烧根死棵。辣椒结果期一次施肥量过大，尤其是氮肥用量过大，也可造成烧根死棵。
适宜的施肥方法为：在浅层适量施用基肥，再开沟深施生物肥，可起到改善土壤、预防病害、促生新根和促使根系向纵深发展等多重作用。辣椒进入结果期后，营养生长与生殖生长同步，不宜过多施用氮肥，可适量冲施优质复合肥。在温度偏低或偏高时，应减少化肥的用量，增施生物肥，以保证根系正常生长发育。因为根系所需要的养分多由中下部叶片提供，所以下部叶片不宜摘除，并且要严格控制叶部病害。
4、抓住关键时期防死棵
辣椒根系浅，在根受到伤害的情况下，很容易发生根部病害，除常见的镰刀菌根腐病、枯萎病、立枯病外，近几年疫霉根腐病的危害明显增加。防止辣椒死棵一定要注重苗子定植前后的预防，
预防的重点时期有二：一是在苗龄30天左右时喷施氟吗啉、霜霉威等，除喷洒茎叶外，茎基部也要喷药。二是定植前后，可在定植前用阿米西达、金雷等蘸根，然后定植，也可在定植后立即灌根，两个时间太近时，只需进行一次。在定植前要检查莆木，如发现茎基部皮层腐烂或丰根的皮层和木质部变成深褐色，应挑选出来淘汰不用，其余苗木要用上述杀菌剂处理根部和上部后才能应用。
